أنشئت إدارة الإسكان عام 1427 كوحدة إدارية تابعة لإدارة العقود والمشتريات بالجامعة وعملت الإدارة بشكل مستمر على تقديم ما يتناسب مع طموحات وتطلعات الجامعة ومقابلة المستجدات التي تطرأ على السكن والمستفيد من مساكن الجامعة بالرغم من تواضع الموارد المالية والبشرية في الإدارة في ذلك الوقت ، ويشمل العمل في إدارة الإسكان المساكن داخل المدينة الجامعية والمساكن المستأجرة داخل مدينة تبوك ومحافظاتها .
 

في عام 1443 هـ استقل إدارة الإسكان كإدارة تنفيذية تابعة لوكالة الجامعة ، مسؤولة عن تنفيذ السياسة الموضوعة من الجامعة لإسكان منسوبيها من الفئات المختلفة ( أعطاء هيئة التدريس ومن في حكمهم ) وفقًا للقواعد والنظم الموضوعة من المجلس الأعلى للجامعة .