تم تأسيس قسم المختبرات الطبية في الإدارة الطبية ليكون أحد الأقسام المساعدة في تشخيص والكشف عن الأمراض.

يقوم القسم باستقبال المرضى المحولين من عيادات الجامعة من شطري الطلاب والطالبات ويقوم بعمل الفحوصات اللازمة لهم كما يقوم القسم باستقبال طلاب وطالبات كلية الطب لعمل الفحوصات السنوية الدوريه  .

يوجد في قسم المختبرات عدد من الاقسام كقسم علم الدم وقسم الكيمياء الحيوية وقسم الأحياء الدقيقة الطبية وقسم الفيروسات وقسم تحاليل المناعة  .

كما لدى القسم خطة تطويرية مستقبلية للتوسع في عمل جميع الفحوصات المخبرية ليلبي احتياجات جميع منسوبي الجامعة.